L'Ender Dragon est le premier boss ajouté à Minecraft. Il apparait dans le monde The End et est le seul moyen de le quitter. Il se régénère automatiquement grâce aux Ender Crystaux. Lorsqu'on tue un dragon il apporte 12 000 points d'expérience ainsi qu'un portail vers la fin du jeu et son générique de fin. Il n'y a qu'un seul et unique Ender Dragon par partie. Depuis la version 1.9, il est possible de faire réapparaitre l'Ender Dragon, pour cela placez 4 End Crystaux au centre de chacun des 4 cotés du portail de sortie: un nouveau Dragon va apparaitre, ainsi que tous les Ender Crystaux présents aux sommets des piles d'obsidiennes. Si on utilise des mods pour faire apparaitre un Ender Dragon dans le monde normal, il detruira tout sur son passage, chaque bloc qu'il touchera disparaitra immediatement (sauf ces blocs). L'Ender Dragon est le plus grand mob du jeu.